Finally I managed to compute my standardized distance matrix. It was a pain because the old Numeric package for Python was moved into the new SciPy. The syntax also changed and the new one is not well documented so far. However here we are:

[[ 0.          0.          0.        …,  0.          0.          0.        ]

[ 0.19671462  0.          0.        …,  0.          0.          0.        ]

[ 1.20662616  1.0139385  0.        …,  0.          0.          0.        ]

…,

[ 1.96727641  2.16355442  3.16890036 …,  0.          0.          0.        ]

[ 1.85301096  2.03765943  3.04722642 …,  0.58206037  0.          0.        ]

[ 1.04944476  1.24583752  2.23884572 …,  0.93726256  1.00173921  0.        ]]

Tags: clustering, Python